La pubblicazione della serie di libri tascabili dedicata agli autori latini e volgari non distolse Aldo dal suo proposito di continuare a stampare testi greci. Nel 1502 egli riprese infatti a pubblicare opere in greco, sebbene non agli stessi ritmi degli anni passati, ma utilizzando i medesimi formati impiegati per le edizioni precedenti alla creazione degli enchiridia.

A partire da quella data l’officina aldina pubblicò le opere di Tucidide, Erodoto, Stefano di Bisanzio (1502), Ulpiano, Senofonte (1503), Demostene (1504) e Ateneo di Naucrati (1514), testimoniando della volontà dell’editore di non volersi fermare alla sola ricerca dei testi filosofici e scientifici, ma anche di quelli retorici, storici e geografici, in modo da aspirare a un recupero pressoché integrale della cultura greca.

Ciononostante, l’indirizzo iniziale del programma aldino incentrato sulle opere di filosofi e scienziati fu confermato in differenti occasioni lungo il corso dell’attività editoriale manuziana.

Dapprima Aldo decise, infatti, di pubblicare testi in latino di illustri autori collegati alla sfera filosofica e scientifica dei greci, come il De expetendis et fugiendis rebus (1501), opera di carattere enciclopedico del grande grecista Giorgio Valla, all’interno della quale figuravano numerose traduzioni di testi filosofici e scientifici della classicità greca.

Di notevole importanza fu la stampa degli In calumniatorem Platonis libri quatuor di Bessarione (1503), prima edizione, dopo la princeps pubblicata a Roma da Sweynheym e Pannartz nel 1469, del testo che fece conoscere in Italia le dottrine e le tecniche esegetiche neoplatoniche.

In seguito Manuzio provvide alla pubblicazione di testi originali quali i commenti ad Aristotele di Ammonio (1503) e Alessandro di Afrodisia (1513), fino alla ripresa di un antico progetto editoriale interrotto agli inizi del secolo: la stampa della prima edizione greca degli Opera omnia di Platone, realizzata nel 1513.

Questa fondamentale pubblicazione, costituita da due ponderosi volumi in folio, era stata immaginata da Aldo già nel 1497, all’epoca della stampa della raccolta di testi neoplatonici tradotti da Ficino.

L’attuazione di questa significativa impresa editoriale in un periodo in cui la produzione manuziana si attestava principalmente sulle opere di autori latini (Cicerone, Quintiliano, Columella etc.) rappresentò per il programma culturale di Aldo un importante punto di arrivo.

Sebbene la sua personale preferenza fosse riservata al recupero delle opere di Aristotele, pubblicando i testi di Platone in lingua originale Manuzio aveva colmato un vuoto filologico plurisecolare, dando un contribuito fondamentale alla riscoperta diretta del filosofo ateniese iniziata a metà del secolo precedente dal cardinale Bessarione.